在 FGO 三周年线下活动上 FGO 日服宣布新增一个指令纹章系统，让英灵角色在攻击时获得一些特殊效果（回血、加攻击力等等），今天这个系统正式实装，这个指令纹章系统就和端游中常见的武器开孔镶宝石加属性的感觉是一样的，或者说是在礼装系统之外加了一个类似武器系统的新功能。
FGO 的指令纹章目前可以在友情池里抽，指令纹章说白了就是个一位英灵角色的指令卡开孔镶上有着特殊效果的纹章，伴随着指令纹章的实装，游戏内开了纪念任务，打通任务可以获得三星的芙芙纹章和 AQB 三种属性指令卡的开孔器。玩家使用开孔器根据英灵角色的配卡安排选择相应的 AQB 开孔器开孔，五张指令卡开孔后才可以镶上纹章。指令纹章也可以卸除，但是卸除需要特别的分离道具，开孔器和分离道具都可以用绿方块兑换，但玩家还是需要考虑好要给哪个英灵角色开孔镶什么纹章，因为分离道具要用 100 个绿方块才能换 1 个（常驻是 1 个金方块 1 个），有点就是为了消耗玩家绿方块和金方块的感觉。镶嵌纹章的选择就和玩传统端游时去思考怎么给自己角色的武器镶嵌宝石是一样的，还是要根据具体的副本内容看。
不过目前指令纹章大多数的特殊效果很有限，目前指令纹章本身并不会对 FGO 游戏内的强度体系带来很大变化，只要叶哥哥别让指令纹章系统本身数值暴走就行。在今天的强化任务当中玉藻喵强化了自己的防御技能，提升自己 HP 上限 3 回合，还自带弱体免除效果一回合，至少让玉藻喵免了一次宝具带来的眩晕效果。小次郎则是宝具强化追加了自身绿卡性能提升效果。